Page 28 - Demo
P. 28
tal ycomo semuestraenelgráficodelaFigura 3elgradode similitudmedioentreelcPD22 yelgrupodeinhibidoresdequinasaesmoderadoconunamediadeíndicedetanimotode054Éstaesmayorqueparaelgrupode fármacosnoinhibidoresdequinasas(037)diferenciaestadísticamente significativacuando serealizalapruebade tde student(p<0005) AdemásladistribucióndevaloresestámásconcentradaenelcasodeinhibidoresdequinasaapoyandolahipótesisdeunamayorsimilitudconelcPD22enbaseaesteexperimento seconcluyóqueelcPD22 tieneungradode similitud significativocomparándoloconotrosinhibidoresdequinasacompetitivosporloqueelrestodelosestudiossellevaronacaboenelbolsillodeAtPdeILK32EstudiosdedockingParaestablecerunmododeuniónentrelaILK yelcPD22sellevóacabounestudiodedockingoacoplamientomolecular,quepermitepredecirelmododeuniónentreunligando(fármaco)ysudiana(macromolécula)Ademásloscálculosdedockingpermitenhacerunaestimaciónsencilladelaenergíalibre(ΔG)deunióndelcomplejoligando-receptorgraciasala funciónde scoringotanteoquecuantificaenergéticamentelasinteraccionesestablecidascomoherramientadedockingseempleóelprogramaGlideensumodoXP,elcualcuentaconunafuncióndetanteoempíricacalibradacondatasetsqueincluyeninhibidoresdequinasashaciendodeélunaherramientamuyútilparaeste tipode sistemas(21)Glidedevolvióuntotaldetresposescompartiendounmododeuniónbastantehomogéneoysimilar(Figura4)yunrangodeΔGdeentre-6262y-509kcal/mol(32)enbaseaestopareceprobablequeelcPD22 sedirija tambiénalbolsillodeAtPdeILKsibientambiénexistelaposibilidaddequelamoléculasedirijaaalgúnsitioalostéricodadoqueelnúmerodeinhibidoresdesarrolladosesconsiderablementepequeñoentreotrosfactoresporladificultaddesudesarrolloúnicamenteseconsiderólaposibilidaddequeelcPD22sedirigiesealbolsillodeAtPdeILKParacomprobarestaprimerahipótesisseplanteóhacerunanálisisquimioinformáticodesimilitudestructuralentredistintosinhibidoresdequinasasyelcPD22Paraellosepreparóunapequeñabasededatoscon56fármacosinhibidorescomercializadosdequinasas todosellosdirigidosalbolsillode AtP(vermaterialsuplementario)(32)Ademáscomocontrolnegativoparaelexperimentode similitud sepreparóotraquimiotecacon 56 fármacoscomercializadosdirigidosaotrasdianas(vermaterialsuplementario)Laestructurabidimensionaldelasmoléculaspuedesertranscritaaunacadenadebitscapazdealmacenarinformaciónacercadelapresenciaoausenciadeciertospatronesomotivosestascadenasdebitsseconocencomohuellasdactilaresomáscomúnmenteenelcampodelaquimioinformáticacomofingerprintsyseclasifican segúnel tipodedescripciónquehacendelamoléculaestructuraltopológicacircular,farmacofóricaetc(33)ParaelpresentetrabajoseseleccionaronlasfingerprintsdemAccsquesehanempleadoconéxitoparacapturarlainformaciónbidimensionaldemoléculasorgánicasencampañasdecribado virtual(34)Una vezgeneradaslashuellassepuedecalcularla similitudestructuralentremoléculasa travésdedistintosíndicessiendoeldetanimotounodelosmásempleadosenelcampodedescubrimientodefármacos(Figura3)(34)136ANALESRANFwwwanalesranfcomDecipheringtheinhibitionmechanismofapseudokinaseintegrin-boundkinaseandcpd22JavierGarcíaMarínAnRealAcadFarmVol88Nº2(2022)·pp---Figura4mododeuniónpredichomediantecálculosdedockingparaelcPD22enelbolsillodeAtPdeILKb)comparaciónentreelmododeunióndelcPD22ylamoléculadeAtPdelsitioactivo(PDb3KmWꞏ)(ParafacilitarlalecturadelaimagensemuestranúnicamenteloshidrógenospolaresdelcPD22)