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135ANALESRANFwwwanalesranfcomDescifrandoelmecanismodeinhibicióndeunapseudoquinasalaquinasaligadaaintegrinasyelcpd22JavierGarcíaMarínAnRealAcadFarmVol88nº2(2022)·pp---LassimulacionesdetempladosimuladotambiénsellevaronacaboconelsoftwareOpenmmcalentandoelsistemaa310K yenfriándologradualmentehasta 270Kdurante1ns traselenfriamientoelcomplejoresultanteseminimizódurante 2000pasosdeL-bFGsextrayéndoselaestructuraresultantedeésteyusandolascoordenadasatómicasparaeliniciodeunnuevocicloasísucesivamentehasta4veces25ExperimentosdeSPRLosexperimentosdesPrserealizaronenelInstitutodeQuímicamédicadelcsIcbajolasupervisióndelaDraLauraLagarteraempleandoILKrecombinanteadquiridaenlacasarandoxLifesciencesyelcPD22adquiridoencalbiochemLaproteína(5992kDa)seinmovilizóenunchipdeorocm5(biacoreGe)siguiendoelprotocoloestándardeinmovilizaciónnocovalenteaportadoporelfabricanteAcontinuaciónsehicieronfluirdistintasconcentracionesdelanalitoenunbuffer(50mm trispH75 50mmnacl2mmcacl220mmeDtAy2ÞDmsO)aunavelocidadde90μL/mineneldispositivobiacore X-100LosresultadosexpresadosenunidadesderesonanciasetrataronconelsoftwareX-100(biacoreGeHealthcareLifescience)3DISCUSIÓN YRESULTADOS31 AnálisisquimioinformáticoUnadelasprimerasincógnitasquesurgenalahoradeabordarelproblemaacercadelmododeunióndelcPD22alaILKeslazonadondepuedetenerlugarlainteracciónconlaproteínaLagranmayoríadeinhibidoresdequinasacomercializados yaprobadosestándirigidosalbolsillode AtPdesusrespectivasquinasasasignaronempleandoelmódulo AntechamberyajustándolasaunnivelteóricoAm1-bccgenerandoasílosarchivosdecoordenadasytopologíacompatiblesconlasuiteAmber(http//ambermdorg/citeAmberphp)AmboscomplejossesolvataronenunoctaedrodemoléculasdeaguatIP3Pde10Ådetamaño y seadicionaron 2cationes sodioparaneutralizarel sistemaempleandoelmóduloLeapde AmbertoolsLas simulaciones sellevaronacaboelprogramaOpenmm(26)enunaestaciónde trabajoWindows10equipadaconuna tarjetagráficanvidia®GigabyteGeForcertX2060GPUtodaslassimulacionessellevaronacaboauna temperaturade298Ky1atmdepresiónintegrandolasecuacionesdevelocidadconuntiempoentrepasosotimestepde4fsgraciasala técnicadehydrogenmassrepartitioning(27)enprimerlugar,sellevóacabounaminimizacióndelaenergíadelsistemamedianteelalgoritmoL-bFGs(métododebroyden-Fletcher-Goldfarb-shanno)durante6000pasosconelfindeeliminarcontactosestrechosentreátomos ygeometríasdepartida torsionadas AestafaselesiguióunadeDmdeequilibradoavolumenconstantedurante5nsAcontinuaciónsepasóalaproduccióndelassimulacionesdeDmclásicadurante 500nsparacadasistema tardando8díasencompletarcadaunadeellas todoslos sistemas se simularonbajolascondicionesdelímiteperiódicoyaplicandoelmétododeewaldparatratarlasinteraccioneselectrostáticasdecortoalcanceconunlímitede8 Å(28) Asímismo seempleóelalgoritmo sHAKeen todoslosenlacesenlosqueparticipanátomosdehidrógenoconelfindesimplificarloscálculosduranteladinámica(32)Lastrayectoriasdeladinámicamolecular seanalizaronempleandoelsoftwaremDAnalysis(29) ymDtraj(30)Paraelcálculodeenergíalibreseutilizóelprogramamm-IsmsAsobrelosúltimos250nsdelastrayectoriasgeneradascorrespondientesal sistemaequilibrado(31)Figura 3Diagramadecajas ybigotesmostrandoladistribucióndelíndicede tanimotoparalosinhibidoresdequinasa yelgrupode fármacoscomercializadosutilizandocomoreferenciaelcPD22