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anivelmoleculardelinhibidor.Paraelloseplanteóelempleodetécnicascomputacionales ybiofísicasclavesenlosprocesosdedesarrolloyoptimizacióndenuevosfármacosasícomodelabioquímicaestructuralmoderna(16)2MATERIAL YMÉTODOS21 AnálisisquimioinformáticoLasdosquimiotecasdefármacosseprepararonrecopilandoloscódigossmILesynombresde58inhibidorescomercializadosdequinasas y fármacosaprobadosa travésdelportalchembl(https//wwwebiacuk/chembl/)LasestructurasseprocesaronatravésdelpaquetedePythonrDKit(versión2020091http//wwwrdkitorg)que seutilizóparagenerarlasmAcc fingerprintsyhacerelanálisisdesimilitudempleandoelíndicedetanimotoelanálisisestadístico sellevóacaboconlalibrería sciPy(17)ylosgráficosconmatplolibyseaborn(1819)22PreparacióndelligandoylaproteínatantoparalassimulacionesdedockingcomodeDmseempleóeldominioquinasadeILKunidoaunamoléculadeAtP(PDb 3KmW)Una vezdescargadoelarchivo seeliminóeldominiocH2de a-parvina yacontinuación seañadieronloshidrógenos seasignaronlosenlacescargasyestadosdeprotonaciónapH72empleandoelProteinPreparationWizardincluidoenelsoftwaremaestro2020(maestroschrödinger,LLcnewYorknY,2021)elcPD22seconstruyóconlasuitemarvinsketch(https//chemaxoncom/products/marvin)queademásseutilizó134ANALESRANFwwwanalesranfcomDecipheringtheinhibitionmechanismofapseudokinaseintegrin-boundkinaseandcpd22JavierGarcíaMarínAnRealAcadFarmVol88Nº2(2022)·pp---parapredecirelestadodeprotonacióndelnitrógenodelapiperazina(pKa=89)a298KempleandolascorreccionesdelibreríayelrestodelosparámetrospordefectoAcontinuaciónseexportóelarchivoen formatosdfamaestro ya travésdeLigPrep(maestroschrödinger,LLcnewYorknY,2021)segeneróunageometríatridimensionaldemínimaenergíaseasignóelestadodeprotonaciónconcarga formal+1apH72 ycargasparcialesatómicasacordesalcampodefuerzasOPLs3(20)23EstudiosdedockingParallevaracabolosestudiosdedockingprimerosegeneraronlas gridsconinformacióndelreceptorapartirdelaestructuratridimensionaldeILKprocedentede3KmWpreviamentepreparadayseleccionandocomoligandoelAtPmediantemaestro2020Deestemodosegeneróunacajaconunaextensiónde25 ÅalrededordelamoléculadeAtPdondesellevaríanacaboloscálculos Acontinuación serealizaronlosexperimentosde dockingutilizandoGlide(21)ensumodo XPajustandoelnúmeromáximodeposesadevolverporelprogramaa10(22)LosresultadossevisualizaronenPymol(thePymOLmolecularGraphicssystemVersion20schrödinger,LLc)yUcsFchimeraX(23)seconsiderarontodaslasposesdevueltasporelprograma(3)correspondientealasdemejorenergíalibredeunión24SimulacionesdedinámicamolecularParallevaracabolassimulacionesdeDmlaproteínasedescribióempleandoelcampode fuerzas ff14sb(24)mientrasqueparaelcPD22seutilizóGAFF2(25)LascargasdeesteúltimosseFigura2PrincipalesinhibidoresdeILKdeltipomoléculaspequeñas