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VOL. 73 (1), 125-140, 2007 ROGER KORNBERG Y LA RNAPOL II...
regiones distribuidas entre las subunidades Rpb1 y 2. Por lo que res-
pecta al ADN que ha de ser aún transcrito, yace en un surco con po-
tencial electrostático positivo (15) entre dicho módulo y Rpb2-Rpb5.
En la región que lo precede, el ADN desapareado en la horquilla mues-
tra una gran flexibilidad, mientras que los residuos en la hebra molde
interaccionan con aminoácidos de la llamada «a-hélice puente», que
forma parte también de Rpb1. El híbrido ADN-ARN permanece apa-
reado a lo largo de 9 pb, presentando una conformación intermedia
entre las canónicas de A y B-DNA. Los contactos observados entre
subunidades Rpb y ADN/ARN se establecen con los esqueletos azúcar-
fosfato de éstos y no con las bases, lo que explica la ausencia de espe-
cificidad de secuencia que caracteriza la interacción entre polime-
rasas y ácidos nucleicos. Es de destacar que se cumple otra de las
predicciones hechas sobre los modelos previos (13-15): la porción de
ADN ya transcrita y re-apareada se sitúa en ángulo recto con respecto
a la que queda por transcribir, desviada por acción de una «pared» es-
tablecida por un dominio de Rpb2, mientras que el ARN sintetizado
se separa del ADN y se posiciona en un canal de salida que atraviesa
el holoenzima. El mecanismo de separación del ARN fue revelado en
otra estructura cristalina adicional (a 3.6 Å de resolución), en la que
éste no era formado por transcripción sino sintetizado químicamen-
te, incluyendo un nucleótido 3’-desoxi terminador, e hibridado des-
pués al ADN: dos lazos provenientes de Rpb1 y uno de Rpb2 interac-
cionan entre sí para actuar como una cuña y guiar el ARN hacia aquél
canal (19).
EL MECANISMO CATALÍTICO DE LA RNAPOL II
La difusión de diversos NTPs en la red cristalina de la RNApol II
y la co-cristalización con un híbrido sintético ADN-ARN permitió
apreciar con gran detalle el discurrir de los ácidos nucleicos en el
centro activo (20) y proponer un mecanismo catalítico fiable (21), ya
esbozado sobre las estructuras preexistentes (Fig. 1).
El centro activo del enzima se localiza alrededor del extremo 3’
de la cadena naciente de ARN y es aportado, una vez más, por Rpb1.
La presencia de un nucleótido terminador en dicho extremo del
ARN permitió situar un NTP complementario al residuo i+1 del ADN
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