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VOL. 73 (1), 125-140, 2007 ROGER KORNBERG Y LA RNAPOL II...

de Stanford ha llegado a definir, sobre complejos ternarios que inclu-
yen RNApol II, el híbrido ADN-ARN y NTPs, el conjunto de inter-
acciones que acompañan a la formación del enlace fosfodiéster (21)
(Fig. 1B). Dos son los elementos que participan directamente en la ca-
tálisis, denominados la a-hélice «puente» y el lazo «gatillo». Están en
contacto estrecho y sus movimientos acoplados contribuirían al mo-
vimiento de translocación de la RNApol II. Cuando el sitio A se en-
cuentra ocupado con el NTP complementario, el gatillo se dispone en
múltiples conformaciones, predominando aquellas próximas al metal.
A altas concentraciones de Mg2+, el segundo metal (B) se localiza en
una nueva posición (C), siendo desplazados en paralelo los NTPs des-
de el sitio A al E, inhibiendo la catálisis. El residuo Leu1081 en el
gatillo establece contactos hidrofóbicos con la base del nucleótido, a
la par que Gln1078 interacciona con el grupo 3’-OH del anillo de ri-
bosa. A su vez, el residuo His1085 establece un puente, bien sea de
hidrógeno o salino, con el fosfato-ß del NTP a través de su nitrógeno
imidazólico protonado. Éste atraería hacia sí parte de la densidad
electrónica del fosfato, facilitando el ataque nucleófilo (SN2) del gru-
po terminal 3’-OH del ARN, que resultaría en la formación del nuevo
enlace fosfodiéster (Fig. 1B). Dado su papel central en la catálisis, no
resulta extraño que el gatillo sea la diana de factores reguladores (en
la RNApol bacteriana, NusA y NusG) e inhibidores. Entre estos últi-
mos, el grupo de Kornberg determinó la estructura cristalina de la a-
amanitina en complejo con la RNApol II (26). Esta potente toxina se
une junto a la hélice puente, bloqueando el movimiento del gatillo
hacia el nucleótido unido en el sitio A. Un papel análogo sobre la
RNApol bacteriana lo ejerce la estreptolidigina (27).

HACIA LA ESTRUCTURA DE LA MAQUINARIA
TRANSCRIPCIONAL AL COMPLETO

Los esfuerzos del grupo de Kornberg por entender la transcripción
en su conjunto no se han detenido en la RNApol II. El ensamblaje
macromolecular responsable de todo el proceso comprende unas
60 proteínas distintas, con una masa molecular que excede los 2,5 mi-
llones de Da, dimensiones que le acercan a las del ribosoma. El pri-
mero de los factores generales de transcripción en unirse al ADN es
TFIID, compuesto por unas 15 proteínas distintas de las cuales TBP

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