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VOL. 73 (1), 125-140, 2007 ROGER KORNBERG Y LA RNAPOL II...

fue un ion Mg2+ (A) en el posible centro activo. La densidad de un
posible segundo Mg2+ (B) no quedaba, sin embargo, tan claramente
definida. En aquel momento era ya claro que la subunidad mayor,
Rpb1 (1.733 residuos aminoácidos), contenía los residuos catalíticos
y, junto con Rpb2, la mayoría de los que determinan la interacción
de la RNApol II con el ADN molde y canalizan al ARN naciente. Asi-
mismo, se pudo modelar la RNApol II humana sobre la de levadura,
como la identidad de secuencia entre ambas (53%) permitía inferir.
En cuanto a la similitud estructural con las cinco subunidades (a2, ß,
ß’, s) del holoenzima RNApol bacteriano (16, 17), el dímero de a está
relacionado con el subcomplejo Rpb3-Rpb11, ß con Rpb2 y ß’ lo está
con Rpb1, mientras que los factores s de selección de promotor en-
cuentran su análogo funcional en el factor general de transcripción
TFIID, cuya masa molecular y número de componentes superan los
de la propia RNApol II.

La estructura de la RNApol II pudo ser finalmente extendida
hasta 2.3 Å, tras difundir en los cristales diversos NTPs, lo que per-
mitió elucidar el mecanismo catalítico, tal y como se discutirá más
abajo. En paralelo, otra serie de estructuras iba a permitir al grupo
de Kornberg el definir las interacciones del ADN molde y el ARN na-
ciente con el holoenzima.

INTERACCIONES DE LA RNAPOL II
CON LOS ÁCIDOS NUCLEICOS

Aunque las sucesivas estructuras de la RNApol II habían dado
lugar a modelos de fiabilidad creciente sobre la situación de ADN
molde y ARN en complejo con el holoenzima (11, 13-15), la com-
prensión de esta máquina macromolecular requería co-cristalizarla
con ácidos nucleicos. El primer hito en dicha dirección fue publica-
do por Kornberg de manera simultánea a la estructura del holoen-
zima a 2.8 Å de resolución, sirviéndose de ésta para la obtención de
fases, si bien a unos más modestos 3.3 Å impuestos en parte por la
complejidad del sustrato (18): una doble hélice de ADN de 30 pb, con
una prolongación de cadena sencilla en uno de sus extremos 5’ para
la carga de la RNApol II, de los que catorce habían sido desplazados
por el enzima al transcribir in vitro un ARN cuya síntesis se había

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