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Sesión
científica
Premios
Nobel
2013

programa
ha
sido
fundamental.
Los
trabajos
conducentes
al
desarrollo
de
este

campo
de
fuerzas,
están
basados
en
uno
inicialmente
desarrollado
por
Lifson
y

AriehWarhsel,
denominado
ConsistentForceFielc
(CFF),
que
incluía
interacciones

no
enlazantes.(21)
También
fueron
fundamentales
los
trabajos
pioneros
de

Michael
Levitt
en
el
cálculo
de
energías
de
proteínas,
(22)
así
como
los
trabajos
de

Harold
Scheraga.(23)

Inicialmente
se
le
dio
el
nombre
de
HARMM
(HARvardMacromolecular

Mechanics),
sin
embargo,
debido
a
que
su
significado
en
inglés
no
resultaba
muy

atractivo,
se
introdujo
el
término
Chemistry,
resultando
con
el
nombre
con
el
que

actualmente
se
conoce
CHARMM
(ChemistryHARvardMacromolecular

Mechanics)(18).

3.1.
Dinámica
Molecular

En
la
dinámica
molecular
(Molecular
Dynamics,
MD)
se
generan
las

conformaciones
sucesivas
del
sistema
integrando
las
leyes
de
Newton
del

movimiento.
El
resultado
es
una
trayectoria
en
la
que
las
posiciones
y
las

velocidades
de
los
átomos
del
sistema
varían
a
lo
largo
del
tiempo
de
simulación.

La
trayectoria
del
sistema
se
obtiene
resolviendo
la
segunda
derivada
de
la

Segunda
Ley
de
Newton.
F=ma:

d 2 xi = Fxi
(10)

dt 2 mi

Esta
describe
el
movimiento
de
un
átomo
de
masa
mi
a
lo
largo
de
las

coordenadas
(xi)
con
una
fuerza
determinada
(Fi)
que
viene
dada
por
el
campo
de

fuerzas,
y
un
tiempo
t.
En
el
punto
inicial
de
la
dinámica,
la
energía
total
del

sistema
es
la
suma
de
las
energías
cinética
y
potencial
para
las
coordenadas
(x0)
y

velocidades
(v0)
iniciales:

Etot = E pot (x0 ) + Ek (v0 )
(11)

Este
es
un
método
determinista
ya
que
el
resultado
final
es
dependiente
de

la
posición
inicial
de
los
átomos
del
sistema
(de
ahí
la
recomendación
de
partir
de

varias
conformaciones
iniciales
para
comprobar
que
los
resultados
convergen,
así

como
la
necesidad
de
realizar
una
minimización
previa
para
evitar
que
haya

gradientes
de
energía
muy
grandes
que
distorsionen
el
comportamiento
del

sistema).

La
evolución
del
sistema
a
lo
largo
del
tiempo
se
obtendrá
mediante

integración
numérica.
Esta
integración
se
realizará
en
fracciones
de
tiempo

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