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Sesión
científica
Premios
Nobel
2013

considerados
en
el
modelo
(como
el
solvente
acuoso
o
la
membrana
celular),

tomando
valor
unidad
cuando
todos
estos
efectos
se
consideran
de
manera

explícita.
La
optimización
de
su
valor
en
cálculos
referidos
a
proteínas
es
motivo

de
continuas
revisiones.
Una
aproximación
generalizada
es
asignar
valores
de
e

dependientes
de
la
distancia
rij.

Es
necesario
tener
en
cuenta
los
términos
de
repulsión
y
atracción
de
la

función
de
van
der
Waals,
la
cual
evalúa
la
interacción
no
electrostática
entre
pares

de
átomos
no
enlazados.
Estos
términos
vienen
representados
por
las
constantes
A

y
B.

VvdW (i, j) = Aij Bij (
r12 rij6
5)
ij

Estos
valores
se
obtienen
empíricamente
para
cada
tipo
de
átomo

interaccionando
consigo
mismo
(Aij
y
Bij).
Los
valores
para
cada
par
ij
se
obtienen

mediante
la
media
geométrica
Aij = Aij ·Ajj

(y
de
manera
análoga
para
B).
La

formulación
de
la
ecuación
5
recibe
el
nombre
de
potencial
de
Lennard-­-Jones

aunque
existen
otras
formas
alternativas
de
formular
la
función
de
van
der
Waals,

basándose
en
variaciones
en
el
valor
de
los
exponentes
de
los
términos
rij.

Los
términos
electrostático
(Vel)
y
de
van
der
Waals
(VvdW)
se
calculan
para

cada
par
de
átomos
no
enlazados
que
se
encuentren
a
una
distancia
r
menor
que

una
distancia
de
corte
rcut-­-off.
Esta
aproximación
se
utiliza
para
ahorrar
tiempo
de

cálculo,
ya
que
si
no,
habría
que
evaluar
N2
interacciones
(siendo
N
el
número
de

átomos
del
sistema).
Es
posible
evaluar
la
interacción
electrostática
cuando
r
>rcut-­-
offen
un
tiempo
razonable
de
tiempo,
como
por
ejemplo
mediante
el
método
local

reactionfield.(16)

Se
asume
que
los
enlaces
entre
átomos
son
flexibles
alrededor
de
unas

distancias
de
equilibrio
(r0),
de
forma
que
pueden
vibrar
como
lo
hace
un
muelle.

Esta
vibración
se
representa
mediante
un
potencial
harmónico
cuadrático
del
tipo:

Venlace = kr (r - ro )2 (
(
6)

Este
potencial
cumple
estrictamente
la
ley
de
Hooke.
kr
es
una
constante
de

fuerza
definida
para
cada
par
de
tipos
de
átomo
(ij)
que
puedan
estar
enlazados,
y

r0
la
distancia
de
equilibrio
del
enlace
ij.

De
forma
análoga,
el
ángulo
q
que
forma
cada
par
de
enlaces
contiguo

también
puede
variar
alrededor
de
un
valor
de
equilibrio
q0,
siendo
la
constante
de

fuerza
kq:

Vángulo = k? (? - ?0 )2

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