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J.
R.
Lacadena,
J.
A.
Esteban,
B.
de
Pascual

7)

Los
ángulos
torsionales
f
(que
definen
la
rotación
sobre
los
enlaces)
varían

de
forma
distinta,
ya
que
dicha
rotación
ha
de
pasar
una
barrera
periódica.
Por

tanto,
su
variación
se
modela
a
través
de
una
función
periódica
del
tipo:

Vtorsión = 1 kn (1 + co s( nf -? )) 8) (
2 (

siendo
kn
la
barrera
de
rotación,
n
la
periodicidad
(número
de
veces
que

aparece
la
barrera
en
un
giro
completo)
y
g
la
fase
(la
localización
de
la
primera

barrera).

Adicionalmente
se
pueden
modelar
los
enlaces
de
hidrógeno
de
forma

específica,
a
través
de
un
potencial
análogo
al
de
Lennard-­-Jones
con

modificaciones
de
los
parámetros.
Esta
consideración
explícita
de
los
enlaces
de

hidrógeno
aparecía
en
la
primera
versión
del
campo
de
fuerzas
del
programa

AMBER,(17),
por
ejemplo.
En
otros
programas,
su
efecto
ya
está
incluido

indirectamente
en
los
términos
electrostático
y
de
van
der
Waals.
También
hay

que
considerar
los
llamados
ángulos
torsionales
impropios,
que
se
refieren
a
la

planaridad
de
un
sistema
de
cuatro
átomos
en
los
cuales
uno
de
ellos,
en
posición

central,
está
enlazado
a
los
otros
tres
(por
ejemplo
en
anillos
tipo
naftaleno).
Estos

pueden
ser
modelados
de
forma
análoga
a
los
ángulos
torsionales
a
través
de

potenciales
periódicos,
como
sucede
en
CHARMM,(18)
GROMOS(19)
y
AMBER(17)

o
bien
a
través
de
potenciales
harmónicos.
Por
último,
existe
la
posibilidad
de

simplificar
la
representación
molecular
mediante
los
modelos
unitedatom,
que
no

consideran
explícitamente
los
hidrógenos
no
polares,
de
forma
que
sus

características
(masa,
carga)
se
añaden
al
átomo
al
que
estén
unidos(20).
Esta

aproximación
se
usa
en
los
programas
GROMOS,
GRID
y
AutoDock.

El
sumatorio
de
los
términos
formulados
en
las
ecuaciones
anteriores
da

lugar
a
la
expresión
de
la
energía
potencial
de
un
sistema
molecular:

? ? ? ?Vpot = (Vel +VvdW )
Venlace + Vangulo + Vtorsion +

enl ac e ángulos t orsi o na le s r <rc ut-off 9)

El
modo
de
formular
cada
uno
de
los
términos
comentados
anteriormente,

el
método
de
obtención
de
cargas
parciales
y
parámetros
Lennard-­-Jones,
el

número
de
tipos
de
átomos
(atomtypes)
y
el
conjunto
de
parámetros
(constantes
k

y
valores
de
equilibrio
en
cada
ecuación)
constituye
lo
que
se
denomina
un
campo

de
fuerzas
de
mecánica
molecular
(force-­-field).

Existen
numerosos
campos
de
fuerza
como
MM2,
Amber,
POLS,
CVFF,

GROMOS
o
CHARMM,
entre
otros.
Sin
embargo,
mencionaremos
de
forma
especial

CHARMM
porque
la
contribución
de
los
galardonados
al
desarrollo
de
este

420