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J.
R.
Lacadena,
J.
A.
Esteban,
B.
de
Pascual

separadas
por
el
valor
de
dt.
La
fuerza
total
de
cada
partícula
en
el
tiempo
t
(que
se

asume
que
es
constante)
se
calcula
como
la
suma
vectorial
de
las
interacciones
con

los
demás
átomos
y
se
determina
mediante
la
derivada
de
la
energía
potencial
con

respecto
a
las
coordenadas:

(

10)

A
partir
de
las
fuerzas
se
puede
determinar
la
aceleración
de
los
átomos
de

modo
que,
conociendo
sus
posiciones
y
velocidades
a
tiempo
t,
podemos
calcular

sus
posiciones
y
velocidades
en
la
siguiente
fracción
de
tiempo,
t+dt.

Este
proceso
se
repite
sucesivamente
para
generar
la
trayectoria
completa

para
todos
los
átomos
del
sistema.

Los
algoritmos
empleados
en
MD
para
generar
las
trayectorias
asumen
que

las
propiedades
de
estas
se
pueden
aproximar
mediante
series
de
Taylor:

(
11)

donde
v
es
la
velocidad
(primera
derivada
de
las
posiciones
con
respecto
al

tiempo),
a
es
la
aceleración
(segunda
derivada),
c
es
la
tercera
derivada,
etc.

Estas
ecuaciones
se
integran
mediante
el
algoritmo
de
Verlet(24),
que
usa

las
posiciones
y
aceleraciones
a
tiempo
t
y
las
posiciones
en
la
etapa
previa,
x(t-­-dt),

para
calcular
las
nuevas
posiciones
a
t+dt,
x(t+d).

El
tiempo
de
integración
dt
elegido
es
de
vital
importancia
ya
que
si
es

demasiado
pequeño
la
trayectoria
apenas
cubrirá
una
parte
de
todo
el
espacio

conformacional,
mientras
que
si
es
demasiado
grande
puede
provocar

inestabilidades
debidas
a
solapamientos
energéticos
entre
átomos.
Los

movimientos
de
mayor
frecuencia
son
aquellos
que
corresponden
a
la
vibración
de

los
enlaces
con
hidrógenos.
Se
sabe
que
estas
vibraciones
ocurren
en
la
escala
del

femtosegundo
(fs)
y
su
inclusión
en
el
cálculo
no
haría
más
que
añadir
una
carga

computacional
extra
innecesaria
ya
que
no
influyen
en
el
movimiento
global
del

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