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ANALES se debe a la ausencia de la interacción correspondiente a la Phe280
RANF (sustituida por un residuo de cisteína en la tcPtP), y a un apila-
miento-p paralelo que mantiene mucho más fijo el ligando en el
www.analesranf.com caso de PtP1b. el análisis de estos valores de rmsD parece estar
de acuerdo con la actividad experimental observada, lo cual supone
fluctuación y se mantienen sin grandes incrementos. no obstante, una validación del método teórico.
se pueden encontrar pequeñas diferencias si se estudia el valor
medio a lo largo de toda la dinámica para ciertas partes de la pro- La pérdida de estabilidad del complejo tcPtP también se
teína. tal y como recoge la tabla 1, los valores de rmsD correspon- puede constatar midiendo las distancias entre los átomos que par-
dientes a los átomos del soluto (proteína-ligando) son superiores ticipan en el enlace de hidrógeno entre el carbonilo de bb2 y el re-
en ambos pares de réplicas para la tcPtP, lo que sugiere una menor siduo de asparagina presente en ambas proteínas.
estabilidad del complejo y además mayor flexibilidad. Lo mismo se
puede deducir de los valores obtenidos para los carbonos alfa del Para el análisis de este enlace de hidrógeno se tomaron como
esqueleto peptídico. Además, atendiendo a la movilidad del bucle límites una distancia de 3.5 Å y un ángulo de relajación entre los
catalítico de ambas fosfatasas (WPD-loop), se puede observar que pares de átomos participantes de 30 ºc.
en el caso de la tcPtP estos valores son ligeramente superiores
comparados con su homóloga. este hecho sugiere que el bucle no tal y como se puede observar en la Figura 7, a pesar de que
se encuentra estabilizado en la conformación abierta (catalítica- el enlace de hidrógeno se mantiene dentro de la distancia estándar
mente inactiva) de la que se parte en ambas dinámicas. esta posición durante la mayor parte de la dinámica existen diferencias signifi-
queda fijada tras la unión del inhibidor alostérico, sin embargo, en cativas en ambas las simulaciones para ambas enzimas. en el caso
ausencia de éste, el bucle tiende a moverse entre la conformación de la tcPtP las fluctuaciones en la distancia de este enlace son más
abierta y la cerrada (34) (catalíticamente activa) lo que se traduce abundantes y frecuentes alcanzando distancias superiores a 3,5 Å y
en una movilidad mayor y por tanto en valores superiores de rmsD. por tanto incompatibles con la existencia de un enlace de hidrógeno.
Tabla 1. Valores medios de RMSD a lo largo de toda la si- este hecho se debe a que BB2 presenta una mayor movi-
mulación de dinámica molecular lidad dentro de la cavidad de tcPtP por la falta de la interacción
de apilamiento extra con la fenilalanina que lo mantendría más fijo
PtP1b tcPtP tal y como previamente fue observado. este hecho da lugar a una
distorsión en la geometría y posición carbonilo de bb2 con respecto
réplica 1 réplica 2 réplica 1 réplica 2 a la asparagina, dificultando así la formación de un enlace de hi-
drógeno.
complejo 2,93 ± 0,3 2,32 ± 0,21 3,12 ± 0,33 3,47 ± 0,48
si bien, durante el transcurso de la simulación de dinámica
ca 2,4 ± 0,42 1,66 ± 0,22 2,28 ± 0,35 2,78 ± 0,51 molecular estos fueron los enlaces de hidrógeno más estables, no
fueron los únicos. el grupo carbonilo de BB2 es capaz de establecer
WPD-loop 1,29 ± 0,29 1,33 ± 0,25 1,44 ± 0,27 1,57 ± 0,27 eventualmente interacciones con el nH del trp291PtP1b o
trp279tcPtP. sin embargo, esta interacción es mucho menos esta-
Dado que el estudio general del rmsD del complejo parece ble, y a ella se le une un enlace de hidrógeno temporal entre el
sugerir una menor estabilidad en el caso de la tcPtP, se decidió grupo sO2 de la sulfonamida (a través del átomo de oxígeno) que
analizar por separado este valor para los átomos pesados (distintos se puede establecer con los nH del esqueleto peptídico de la prote-
de hidrógeno) que forman la benzbromarona BB2. ína. Junto a estos, se les unen enlaces de hidrógeno con una persis-
como se puede observar en la Figura 6, el ligando no solo
presenta un valor bastante más alto en el caso de la tcPtP (2,18 Å
de media en ambas réplicas frente a 0,63 de PtP1b), sino que ade-
más fluctúa más en el interior del bolsillo, lo que se observó durante
la visualización de las trayectorias de la dinámica. este fenómeno
Figura 6. evolución de los valores de rmsD de bb2 a lo largo de la dinámica molecular tanto para la PtP1b (azul) como tcPtP (rojo)
Propuesta de un modelo computacional para el estudio de 105
la selectividad de los inhibidores alostéricos de PTP1B
Javier García Marín
An Real Acad Farm Vol. 86. Nº 2 (2020) · pp. 99 -112
