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centro activo, y en este caso hay interacciones ?-stacking José María Sánchez Montero
con la Phe-296 y 345, mientras que en el caso del R, solo
con la Phe-245. Por tanto podemos concluir que la estableció las normas generales para la
interacción con el R es menos favorable ya que los anillos enantiodiscriminación ilustrando cómo los enantiómeros
están prácticamente dispuestos perpendicularmente el uno tienen diferentes interacciones con dos porciones
respecto del otro. De esta forma podríamos predecir la químicamente distintas del centro activo. Las tasas de
selectividad de esta enzima tanto en las reacciones de acilación determinados experimentalmente fueron
hidrólisis de sus ésteres como en la reacciones de síntesis utilizadas para validar el modelo, que proporciona sólo una
de los ácidos correspondientes. predicción cualitativa. El docking con los ácidos S y R
ketoprofeno confirmó los resultados predichos en el
En otros experimentos llevados a cabo por otros grupos apartado anterior, ya que la energía de interacción fue mas
se ha visto que mediante la simulación de análogos del favorable en el caso del S y la distancia respecto al residuo
estado de transición para la hidrólisis de una serie de catalítico fue menor en el S-ketoprofeno que en el R (2,96
diésteres se pudo demostrar que la enantioselectividad es ? del S frente a 9 ? del R) como puede apreciarse en la
una función de la longitud de la cadena del ácido. Figura 5.
5. DESCRIPCIÓN GRID DE LA NATURALEZA DEL Aunque en los ejemplos expuestos hasta ahora se
CENTRO ACTIVO alcanzaron buenos resultados en la racionalización de las
estrategias experimentales, todos fallan en hacer una
El enfoque GRID que complementa la simulación de predicción cuantitativa de la selectividad enzima, incluso
análogos del estado de transición permite una descripción cuando el análisis GRID se combina con aproximaciones
más precisa de la interacción enzima-sustrato (8) y fue al análogo al estado de transición.
aplicado en el estudio de la selectividad de la penicilina G
amidasa (PGA) (9,10). Además de proporcionar directrices Esta limitación se debe a que todos los enfoques
para el acoplamiento de los sustratos en el centro activo de descritos se basan en varias aproximaciones significativas
la enzima, la visualización de los campos de interacción (11).
molecular (MIF) generados por diferentes sondas
(hidrofóbicas, dadores de enlaces- H, aceptores de enlaces- El primer problema se puede achacar a la naturaleza
H y grupos cargados) permitió una exploración fácil y simplificada de los cálculos del campo de fuerza
rápida de la naturaleza química del centro activo, empleado. Por otra parte, el segundo gran problema viene
consiguiendo así un esquema completo de los del hecho de que las pequeñas diferencias de energía
requerimientos estructurales del sustrato para el originan grandes variaciones en la selectividad, que
reconocimiento óptimo del mismo. Además, el estudio pueden ser enmascaradas por las grandes fluctuaciones
causadas por el movimiento normal de las proteínas.
Figura 5. Docking automático entre R-ketoprofeno y el S-ketoprofeno y el centro activo de la lipasa de Candida rugosa.
6. PREDICCIÓN DE LA ENANTIOSELECTIVIDAD intermedios tetraédricos de dos enantiómeros fue descrito
DE LA ENZIMA POR MÉTODOS DE MECÁNICA por Colombo y cols. (12) en la resolución de una mezcla
CUÁNTICA Y/O MECÀNICA MOLECULAR racémica de 1-feniletanol por acilación catalizada por
subtilisina. El enfoque consistió en un modelo con todos
El primer y más clásico estudio sobre la predicción los átomos con solvatación explícita completa, energía
cuantitativa de la diferencia de energía libre entre los dos
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