Page 107 - 82_02

José María Sánchez Montero

Figura 3. Comparación de distancia y geometrías del donepezilo (a) y CBD (b). Geometrías superpuestas (c). Geometrías resultantes del

Docking. (d).

En base a esta idea, estos compuestos y otros Hyperchem 8.0. utilizando los algoritmos minimización
cannabinoides fueron acoplados “docked” en la estructura Stepeest descent y Fletcher-Reeves siendo el criterio de

de la AChE de Torpedo californica (PDB ID código convergencia utilizado de 0,01 Kcal/mol lo que en la

1EVE) usando el programa Argus Lab (Marck). A modo práctica quiere decir que se realizan cálculos iterativos

de ejemplo se compara el acoplamiento del THC y el hasta que la energía y la estructura no cambian de un

donepezilo en el centro activo de la enzima cálculo al siguiente y las primeras derivadas caen a cero.

acetilcolinesterasa. (Fig 4). El motor de acoplamiento de En los experimentos realizados con la estructura de

ArgusDock implementado en Aargus Lab 4.0 se aproxima AChE de Torpedo californica (PDB ID código 1EVE) que

a un método de búsqueda exhaustiva, que posee está complejada con donepezilo, este fue suprimido para

similitudes con DOCK y Glide. El acoplamiento flexible calcular la energía de interacción de este compuesto y

de ligandos es posible debido a que el ligando se describe comparar posteriormente con otros sustratos. El

como un árbol de torsión y se construyen redes que se donepezilo se mantiene orientado hacia el Trp84 y Trp

superponen en el sitio de unión. El nodo del ligando raíz 279, asimismo se muestra que la energía de interacción de

(grupo de átomos unidos que no pueden girar) se coloca en THC con la AChE considerando también el donepezilo y

un punto de búsqueda en el sitio de unión y se crea un fue de -9,23 Kcal/mol.

conjunto de rotaciones diversas y enérgicamente Si consideremos ambos sustratos por separado, la

favorables. Para cada una de las rotaciones, se construyen energía de interacción en este caso corresponde a un valor

torsiones en la amplitud de primer orden- y para aquellos de -10,55 Kcal/ mol, siendo este valor muy semejante al

que pasan la búsqueda torsional se guardan. La que tenía con el donepezilo sólo que fue de - 10, 60

conformación de más baja de energía se retiene y el Kcal/mol. El THC por tanto, se une a la AChE de Torpedo
conjunto final de conformaciones sometidas a californica con una afinidad comparable a otros ligandos

minimización, se reagrupan y clasifican. que se unen al PAS descritos en la bibliografía (90).

Se llevaron a cabo 150 ciclos de cálculo (33 millones

de evaluaciones de energía). El tamaño de la caja tenía las

dimensiones de 29,30 Å, 30,02 Å, 27,77 Å cuando se

utilizó el donepezilo como sustrato en la estructura 1EVE

mientras que el tamaño de la caja fue 29,54 Å, 27,33 Å,

28,73 Å cuando se acopló el mismo sustrato en 1B41. La

resolución fue de 0.400 Å Esta caja fue diseñada para

incluir regiones del centro catalítico de la denominada

garganta “gorge” y del centro periférico aniónico.

Esta configuración es la estándar de acoplamiento que
utiliza el programa Argus Lab para los cálculos, una vez
que se ha definido el sitio de unión. El programa se
implementó en un ordenador Mac Pro de 8 núcleos a 2,86
Hz con 16 GB de RAM DDR2 a 800 MHz, disco duro de 1
TB y procesador gráfico NVDIA Quadro Fx 5600, 1,5 GB
y monitor de 30 pulgadas.

Como paso previo a los experimentos de Docking se Figura 4. Interacción de donepecilo y dronabinol en la acetil
llevó a cabo una optimización de la geometría de los colinesterasa de Torpedo californica (Código: 1eve.pdb).
ligandos cannabinoides empleados con el programa

222 @Real Academia Nacional de Farmacia. Spain