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RANF

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Figura 7. monitorización a lo largo del tiempo de la distancia entre el oxígeno carbonílico de bb2 y el nH de la asparagina: Arriba PtP1b, abajo tcPtP

tencia menor al 2% que ocurren en momentos concretos de la di- último, debida en gran parte a la menor estabilidad del complejo
námica molecular. no obstante, el número total de enlaces de hi- formado.
drógenos establecidos a lo largo del tiempo por el ligando en ambos
complejos también presenta diferencias. 3.3. Cálculo de energía libre
La afinidad de un fármaco por su diana está íntimamente re-
en la Figura 8 se muestra el número total de enlaces de hi-
drógenos que es capaz de establecer BB2 con su proteína a lo largo lacionada con la energía libre de unión a la misma (?G) (35). Du-
del tiempo en una replicada de cada sistema. como se puede ob- rante los últimos años, los químicos y bioquímicos computacionales
servar existen dos enlaces de hidrógeno que se mantienen relati- han desarrollado numerosos algoritmos con el fin de determinar
vamente estables a lo largo del tiempo que son los estudiados este parámetro, de gran utilidad durante el proceso de desarrollo
previamente. sin embargo, en el diagrama se refleja la posibilidad de fármacos, especialmente en las campañas hit-to-lead (36). Del
de nuevos enlaces de hidrógeno con otros grupos funcionales. se mismo modo, el cálculo de la energía libre de unión puede ser em-
puede observar que existe una mayor población de enlaces de hi- pleado para discernir la afinidad y, por tanto, la selectividad de un
drógeno en el caso del complejo bb2-PtP1b. este hecho refleja la mismo ligando por dos dianas distintas (37). Para determinar la
mayor estabilidad del ligando dentro de esta proteína a diferencia energía libre de unión de BB2 hacia la PtP1b y tcPtP se decidió
de tcPtP, lo que a su vez se traduce en una menor afinidad por este emplear un método bastante novedoso conocido como Waterswap

Figura 8. Diagramas de número total de enlaces de hidrógenos establecidos a lo largo de la dinámica entre el ligando y PtP1b (A) y tcPtP (b)

106 Proposal of a computational model for the study of the se-
lectivity of allosteric inhibitors of PTP1B
Javier García Marín
An Real Acad Farm Vol. 86. Nº 2 (2020) · pp. 99 -112