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RANF

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Figura 4. Geometrías iniciales de los complejos bb2-enzima para la dinámica molecular (izquierda PtP1b y derecha tcPtP).
Los enlaces de hidrógeno entre la Asn193/194 y el Glu 276/274 se encuentran marcados como líneas azules

esqueleto de benzofurano de BB2 con los anillos aromáticos de los hizo una pequeña fase de equilibrado para reestablecer la densidad
residuos Phe196, Phe280 y trp291 de la PtP1b. en el caso de la y se pasó a la fase de producción, donde se generan los resultados
tcPtP, estos contactos se mantienen a excepción del apilamiento-p de la dinámica que se analizan y comentan durante la discusión.
paralelo de la Phe280, ya que en esta posición se encuentra la
cys278. La pérdida de este apilamiento podría ser una de las causas uno de los parámetros más empleados para evaluar la esta-
que contribuyese negativamente a su unión a la tcPtP (Ic50 =129 bilidad de los complejos es el cálculo de la desviación cuadrática
µm) favoreciendo por tanto la selectividad del compuesto (6 veces media (rmsD) a lo largo del tiempo de las trayectorias generadas.
más selectivo sobre la PtP1b, Ic50 = 22 µm) (13). este parámetro representa las fluctuaciones de la posición de los
átomos de distintos elementos, como el esqueleto proteico, compa-
Las técnicas de dinámica molecular convencional permiten si- rándola con la conformación inicial a lo largo de la simulación. su
mular con un alto grado de exactitud los complejos ligando-proteína monitorización nos permite comprobar si el sistema ha alcanzado
en condiciones que simulen el ambiente biológico (presencia explí- el equilibrio (se mantiene estable), o, por el contrario, continúa evo-
cita de disolvente y de iones para fijar el pH y fuerza iónica) a lo lucionando en el espacio conformacional en búsqueda de estados
largo del tiempo y de este modo poder estudiar los eventos que ten- termodinámicamente más favorecidos para el sistema.
gan lugar a nivel molecular. una vez minimizados los distintos áto-
mos del sistema (para eliminar geometrías forzadas y contactos como se puede observar en la Figura 5, ambos sistemas pa-
demasiado cercanos), éste se calentó gradualmente hasta 25 ºc, se recen haber alcanzado el equilibrio, especialmente a partir de los
5 ns de dinámica, cuando los valores de rmsD presentan menor

Figura 5. evolución del rmsD a lo largo de la dinámica molecular para el complejo bb2-PtP1b (izquierda) y bb2-tcPtP (derecha).

Proposal of a computational model for the study of the se-

104 lectivity of allosteric inhibitors of PTP1B
Javier García Marín
An Real Acad Farm Vol. 86. Nº 2 (2020) · pp. 99 -112