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ANALES
RANF
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Figura 3. A) bolsillo alostérico de PtP1b modelada. b) bolsillo alostérico de tcPtP modelada.
zimas. Las entradas depositadas en el PDb co-cristalizadas con in- por una cisteína que en la secuencia de tcPtP ocupa la posición
hibidores alostéricos, carecen de la hélice a7 como consecuencia de 278. esto es una diferencia bastante notable puesto que la natura-
la alta movilidad que presenta esta hélice tras la unión del inhibidor leza y tamaño de estos aminoácidos es bastante distinta. Algo si-
y que imposibilita su resolución por técnicas convencionales de cris- milar ocurre con la Val287 que pasa a ser una ocupada por la Ile284
talografía de rayos X. Por otro lado, la única estructura disponible de tcPtP. Así mismo existen algunas diferencias también en el ex-
de la tcPtP (1L8K) carece también de esta hélice y presenta una tremo c-terminal, pero estas no fueron contempladas por tratarse
baja resolución. es por esto por lo que se hizo necesario recurrir al de una zona alejada del bolsillo y con alta movilidad. estos primeros
modelado por homología para obtener estructuras tridimensionales resultados parecen indicar que, si bien ambos son bolsillos hidrófo-
completas y de buena calidad de ambas enzimas. Para generar los bos, el de la tcPtP presentaría un carácter más polar y mayor ta-
modelos se utilizó el método descrito por shinde y colaboradores maño por la presencia del residuo de cisteína en lugar de
(27), empleando como moldes para el modelado las estructuras cris- fenilalanina.
talinas de PtP1b con el bucle catalítico abierto, 1t48, y con la hélice 3.2. Dinámica molecular
a7 resuelta, 2F6F. en el caso de la tcPtP se utilizó 1L8K. superpo-
niendo los moldes con las correspondientes secuencias de ambas con el fin de profundizar en el proceso de interacción entre
proteínas extraídas de la base de datos uniprot se generaron mo- BB2 y ambas fosfatasas, se llevaron a cabo experimentos de diná-
delos en base al alineamiento para ambas enzimas que posterior- mica molecular entre los complejos ligando-enzima. La geometría
mente fueron refinados e inspeccionados visualmente de forma inicial de los complejos se obtuvo, en el caso de la PtP1b, directa-
cuidadosa. Las estructuras generadas obtuvieron una puntuación Z- mente del cristal, y en el caso de la tcPtP por superposición del li-
DOPe de -1,27 para PtP1b y -1,07 para tcPtP, valores que corres- gando bb2 durante la fase de modelado. un primer vistazo a las
ponden a modelos fiables y bien resueltos. geometrías iniciales permite revelar las claves de la interacción,
como se puede comprobar en la Figura 4.
una vez construidos, se pasó a llevar a cabo una inspección
visual de las estructuras generadas. en primer lugar, la observación Las benzbromaronas se asientan en la cavidad alostérica es-
del sitio alostérico modelado para ambas enzimas permitió tener tableciendo numerosos contactos hidrofóbicos con residuos de gli-
una idea de la geometría de este. como se puede comprobar en la cina, isoleucina y el esqueleto carbonado de la proteína. se pueden
Figura 3, el sitio alostérico está constituido por una cavidad com- diferenciar dos enlaces de hidrógeno iniciales: uno por parte del
prendida entre las hélices a3, a6 y a7, con un carácter altamente grupo carbonilo de BB2 que interacciona con los residuos Asn193 y
hidrofóbico debido a la naturaleza de los aminoácidos que lo cons- Asn194 de PtP1b y tcPtP, respectivamente gracias a su –nH2; y
tituyen. otro por parte del grupo sulfonamida, a través de su –nH, que inter-
acciona con el cOOH del Glu276 de PtP1b y el Glu274 en el caso
A pesar de la gran similitud entre los bolsillos alostéricos de de la tcPtP. Hay que destacar que a los contactos hidrofóbicos se le
ambas enzimas, hay algunas diferencias bastante reseñables: por unen fuertes interacciones de tipo apilamiento-p que establece el
un lado, el residuo de Phe280 de la PtP1b se encuentra sustituido
Propuesta de un modelo computacional para el estudio de 103
la selectividad de los inhibidores alostéricos de PTP1B
Javier García Marín
An Real Acad Farm Vol. 86. Nº 2 (2020) · pp. 99 -112
