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Perspectiva
general
sobre
el
proceso
de
desarrollo
de
fármacos…

3.2.2.
Espacio
químico
y
representación
molecular

Cercanamente
aliado
con
la
noción
de
similitud
molecular
es
el
de
espacio

químico.
Los
espacios
químicos
proveen
un
medio
para
conceptualizar
y
visualizar

la
similitud
molecular.
El
concepto
de
espacio
químico
se
deriva
de
la
noción
de

espacio
usado
en
Matemáticas
y
consiste
en
un
conjunto
de
moléculas
y
un

conjunto
de
relaciones
asociadas
(similitudes,
disimilitudes,
distancias)
entre
las

moléculas,
lo
cual
le
da
al
espacio
una
“estructura”
(60).

El
espacio
químico
se
puede
describir
usando
una
codificación
basada
en

coordenadas
o
una
codificación
libre
de
coordenadas
de
las
estructuras
químicas.

En
la
codificación
individual
de
moléculas
(espacio
basado
en
coordenadas),
cada

molécula
se
describe
mediante
un
vector
de
fragmentos
o
subestructuras,

traducido
posteriormente
en
un
vector
de
descriptores
moleculares
(DMs)
y,
por

tanto,
tiene
una
posición
absoluta
en
un
espacio
multidimensional.
La
dimensión

de
este
espacio
se
especifica
por
el
número
de
rasgos
no
correlacionados

(descriptores
de
complejidad,
descriptores
de
solubilidad,
huellas
dactilares
o

“fingerprints”,
tripletes
de
farmacóforos,
u
otro
vector
de
descriptores).
Por
otra

parte,
en
la
codificación
por
pares
de
moléculas
(espacio
libre
de
coordenadas)

solo
se
calculan
las
distancias
entre
dos
moléculas
usando
una
medida
de
similitud

explícita
o
implícita.
La
posición
absoluta
de
las
moléculas
en
este
espacio
se
puede

calcular
solamente
si
se
miden
todas
las
distancias
por
pares
y
se
conoce
la

dimensionalidad
del
espacio
(descriptores
de
pares
de
átomos,
árboles
de
rasgos,

enfoques
de
Subestructura
Máxima
Común)
(61-­-63).

Cuatro
tipos
de
objetos
matemáticos
se
utilizan
normalmente
para

representar
las
moléculas,
estos
son:
conjuntos,
grafos,
vectores
y
funciones.
Los

conjuntos
son
los
objetos
más
generales
y,
básicamente,
la
base
de
los
otros
tres.

Normalmente,
los
químicos
representan
moléculas
como
“grafos
químicos”
(64),

que
están
estrechamente
relacionados
con
los
tipos
de
grafos
tratados
por
los

matemáticos
en
el
campo
de
la
teoría
de
grafos
(65).

Los
grafos
químicos
proporcionan
una
metáfora
potente
e
intuitiva
para
la

comprensión
de
muchos
aspectos
de
la
química,
pero
sin
embargo
tienen
sus

limitaciones,
especialmente
cuando
se
trata
de
cuestiones
de
interés
en
la

quimiometría
y
quimioinformática.

En
estos
campos
de
información
molecular
se
representan
normalmente
los

vectores
de
características,
donde
cada
componente
corresponde
a
una
función

local
o
global
característica
de
una
molécula.
Las
características
locales
incluyen

fragmentos
moleculares
(subestructuras),
farmacóforos
(66),
varios
índices

topológicos
(67),
y
cargas
atómicas
parciales,
entre
otras.
Las
características

globales
incluyen
características
tales
como
el
peso
molecular,
logP,
la
superficie

polar,
varios
BCUTs
y
el
volumen
molecular
(49).

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